Tumores benignos e malignos, cistos dos maxilares, doenças provocadas por fungos, vírus, e manifestações associadas a doenças sistêmicas como AIDS, tuberculose, sífilis entre outras, são tratadas pelo cirurgião bucomaxilofacial, assim como deformidades faciais que são aquelas que se manifestam como câncer, traumas severos, ou distúrbios do desenvolvimento, as síndromes ou alterações do desenvolvimento tais como o prognatismo (aumento dos maxilares), micrognatismo (diminuição dos maxilares) ou a combinação delas. Atualmente existem diversas formas de se diagnosticar uma doença no complexo maxilofacial. Uma delas é a tomografia computadorizada, com reconstrução 3d, que veio nos auxiliar tanto na visualização como no planejamento cirúrgico, para abordagens, ressecções e recontruções de partes perdidas.